本會(原為民族事務委員會，組織調整為原住民族事務委員會)成立於民國99年，掌理原住民業務，致力原住民族群語言文化的推廣與傳承，並推動族群主流化政策，凸顯各族群主體性，建構多元差異文化發展環境，達到「多元族群文化豐富大臺南」的目標。目前本會轄下管理三間原住民族館舍─臺南市札哈木會館、臺南市原住民文物館及臺南市西拉雅文化會館。