生物多樣性研究中心之任務：(1) 推動生物多樣性之基礎研究工作、(2) 推動台灣之生物多樣性之保育與教育工作、(3) 將生物學、生物科技、環境生態及社會經濟融入研究主題、(4) 推動生物多樣性之科普教育及環境生態之永續發展。

台灣島嶼雖小，陸地面積僅佔全球萬分之三 (0.03%)。但動植物種數卻高達全球物種數的2.6%，其中更有相當大的比例是台灣特有種。台灣有如此高之生物多樣性皆因台灣有很多不同之生態系統，包括高山、河口濕地、珊瑚礁及深海生態系等。台灣島又地處多個重要洋流的交會之處。故保育台灣島嶼及周邊海域之動植物種類及維護其棲地之完整，即能對全球之生物多樣性之維護有重大的貢獻。